桓玄在三月攻入建康后，自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇。
四月，桓玄出镇姑孰，辞录尚书事，但朝中大事仍要咨询他，小事则由朝中的桓谦和卞范之决定。
这一次掌握了朝堂权力的桓玄，可不仅仅只满足当一个权臣。
首先，他开始剪除自己潜在的威胁，先后杀害了吴兴太守高素、竺谦之、高平相竺朗之、刘袭、彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等北府军旧将，以图消灭北府军势力。
另一方面，又下诏全国避其父桓温名讳，同名同姓者皆要改名，又赠其生母马氏为豫章郡太夫人。
北府军众将，因为刘牢之屡次反叛，而离心离德。可是面对桓玄的不断逼迫，肆意加害，导致人人自危，于是他们私下里悄悄联络，相互依靠，等待时机。
大亨元年（403年），桓玄迁大将军，又上请率军北伐后秦，但随后暗示朝廷下诏不准。
桓玄本身就无意北伐，于是装作尊重诏命的姿态停止了动作。同年，桓伟去世，桓玄感到孤危，于是打算加快篡位。
桓玄让朝廷任命自己为相国，更划南郡、南平郡、天门郡、零陵郡、营阳郡、桂阳郡、衡阳郡、义阳郡和建平郡共十郡封自己为楚王，加九锡，并置楚国国内官属。
及后自解平西将军和豫州刺史，将官属并入相国府。桓玄的不臣之心，此刻昭然若揭，已经开始走篡位流程了。
东晋王朝虽然有各种问题，但它毕竟存在了这么久，桓玄在没有足够威望和实力的情况下，妄图取而代之，自然引起了很多人的不满。
毕竟，大家原来都是臣子，你桓玄凭什么改朝换代，有足够的威望吗？有足够的军功吗？
于是，原为殷仲堪党众的庾仄起兵七千人反抗，趁着接替桓伟的荆州刺史桓石康未到任时，袭取襄阳，震动江陵。不过，没过多久便被桓石康等人平定。
除了在政治上迈出篡逆的这一步，桓玄还命人报告祥瑞出现，同时让皇甫谧六世孙皇甫希之假扮高士，想要以此来提高自己的威望，以及营造出一副天命所归的样子。
大亨元年（403年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝规格的十二旒，又加车马仪仗及乐器，以楚王妃为王后，楚国世子为太子。
十一月十八日，由卞范之写好禅让诏书并命临川王司马宝逼晋安帝抄写。二十一日，由司徒王谧奉玺绶，将晋安帝的帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙的晋朝诸帝神主至琅邪国。
及后百官到姑孰劝进，桓玄假意辞让，官员坚持劝请，桓玄于是筑坛告天，于十二月三日正式登位为帝，并改元“永始”，改封晋安帝为平固王，不久迁于寻阳。
此时，东晋暂时宣布灭亡。
桓玄虽然凭借着威势取代了司马氏，可朝廷官员、将领士卒、地方豪强、平民百姓，不乏暗怀不满者，只是敢怒不敢言而已。
元兴三年（404年）晋陵郡，丹徒县，京口
十二岁的刘义之终于脱离苦海，他那个征战四方的老爹回来了，不过却显得有些心事重重。
嗖，嗖。
箭矢飞射而出，贯穿了野鹿的脖颈。
“将军神射。”跟在身旁的陈巨笑着说道，遂上前拾取猎物。
眼看身边就只有父亲、和舅父臧熹，刘义之试探着问道：“父亲可是为了身家性命而忧虑？”